本发明的菌株是从海滨盐土中分离纯化获得一株产天然蓝色素的细菌NJYS-02，通过形态学、生理生化实验和16SrRNA分子鉴定，为假单胞菌（Pseudomonadaceae.sp），菌株于2012年5月3日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏号为CGMCC No.6071。将菌株按2%接种量接种到以20%的马铃薯汁添加1.5%的葡萄糖的培养基中，pH6.0时，28℃静置培养3天后，发酵液4000rpm离心15分钟后弃上清，菌体用超声波破碎细胞，乙醇提取后，旋转蒸发浓缩后得到纯化的蓝色素，小鼠灌胃急性毒性试验证明该菌株所产蓝色素为实际无毒类。本发明可解决天然蓝色素来源狭窄，产量低的问题，而且生产工艺简单，可大规模工业发酵，所得蓝色素可用于医疗、食品、化妆品和纺织等领域。