本发明涉及一种综合利用香蕉杆的方法，是将香蕉杆进行粉碎或制浆，使其中的纤维和杂细胞分离；杂细胞输送至厌氧发酵系统进行沼气发酵，获得沼气和厌氧出水；纤维作为造纸或纺织用的原料。厌氧出水可回用于前序工序，也可以经过处理后用作为液态肥。本发明通过对香蕉杆的分类利用，实现了香蕉杆的高值化利用，避免了香蕉杆自然堆放或直接还田时引发的严重的香蕉疫情，可获得显著的环境效益和经济效益。