本发明属于应用工业微生物领域,公开了一种α-淀粉酶及其基因、含有该基因的工程菌及其应用。本发明提供了淀粉水解酶系中关键酶之一的α-1,4淀粉糖内切酶基因,该基因全长为1569bp,G+C含量为67%,编码522个氨基酸,其核苷酸序列为:SEQ ID NO.1所编码的内切酶蛋白质氨基酸序列为:SEQ ID NO.2。利用该基因构建的工程菌株能高效表达α-1,4淀粉糖内切酶,该酶在以可溶性淀粉为底物时比活力高达10013u/mg。利用基因生产的酶制剂可用于粮食加工、食品工业、酿造、发酵、纺织工业和医药等工业,在解决实际问题的同时还可以取得可观的经济效益。