本发明公开了一种三防抗菌整理剂及其制备方法，属于精细化学品领域，制备方法包括将多异氰酸酯、季铵化双羟丙基聚硅氧烷、扩链剂、稀释剂和聚合催化剂混合，反应制得季铵化有机硅改性聚氨酯预聚物；季铵化有机硅改性聚氨酯预聚物与氟碳链长为4-6的全氟烷基乙醇反应得季铵化有机硅改性的短氟碳链聚氨酯预聚物；季铵化有机硅改性的短氟碳链聚氨酯预聚物经后处理后即得所述的抗菌整理剂；本发明的方法制备的三防抗菌整理剂用于各纺织品和皮革制品，具有环境友好，能赋予各种织物、皮革制品良好的防水防污防油性和抗菌性能。