本发明公开了一种防水与抗菌性水性聚氨酯涂料的制备方法，在二月桂酸二丁基锡催化剂存在的条件下，将山柰酚与异佛尔酮二异氰酸酯按照重量比1:2.5~1:3.7混合，加入丁香亭-3-O-β-D-葡萄糖苷和蝇毒硫磷，于40~90℃下反应1~3h，再加入O,O-二甲基-S-(甲基氨基甲酰甲基)二硫代磷酸酯于50~70℃反应1~2h，得到聚氨酯预聚体A；向预聚体A加入扩链剂、羟基氟他胺，于60~80℃条件下反应2~5h，加入三乙胺进行中和反应30~50min，加水进行乳化，得防水与抗菌性聚氨酯涂料，所制备的防水与抗菌性水性聚氨酯环保、价格低廉，广泛应用于墙体、家具、金属器具表面，作为塑料、玻璃、造纸、纺织的粘合剂。