本发明涉及一种堆肥有机原料中有机污染物生物清消二步法，特别是养殖禽畜粪便、生活污泥和作物秸秆中残留的抗生素、除草剂等有机污染物的生物清消，该方法包括先将不同堆肥有机原料按12～30:1的碳氮比进行配料，进行高温好氧发酵3～5天，每次发酵均需要添加1%～10%的固体高温发酵菌剂，然后进行中温好氧发酵3～15天，通过控制发酵腐熟过程中物料的氧浓度和温度实现生物清消的目的。针对不同堆肥有机原料的有机污染物的种类及其浓度，可以通过调整最佳碳氮配料比、中高温发酵返料量和发酵期，实现将堆肥有机原料中的有机污染物降低至安全限量。