本发明公开了一种阻燃聚酯纤维及其制备方法与应用。该阻燃聚酯纤维，由芯体和皮层组成；构成所述芯体的材料为聚酯材料，构成所述皮层的材料为阻燃聚酯材料和聚酯色母粒。上述阻燃聚酯纤维中，所述皮层与芯体的质量比为20-50∶80-50；所述皮层中，阻燃聚酯材料和聚酯色母粒的质量比为95-99∶5-1。所述芯体中，所述聚酯材料为聚对苯二甲酸乙二醇酯；所述聚酯材料的特性粘度为0.80-1.20dL/g。该阻燃聚酯纤维的生产成本较低，对环境无污染，具有较高的纤维强度，很好的阻燃效果及色牢度，适用于制备特种行业服装，宾馆和娱乐等公共场所用的纺织装饰品，汽车及航空用纺织品，包装用纺织品等。