一种ι-卡拉胶降解酶基因及其制备方法和应用，涉及ι-卡拉胶酶。ι-卡拉胶酶基因cgiA2_Ce是编码Cellulophaga sp.KL-A的卡拉胶酶基因。ι-卡拉胶重组酶CgiA2_Ce可在降解ι-卡拉胶中应用，降解产物为2个ι-卡拉胶寡糖，聚合度分别为2-4糖和6-10糖。所述降解产物可在制备抗菌剂，抗病毒剂、免疫调节剂、抗氧化剂等中应用，尤其是在用于海水养殖中的抗菌剂，抗病毒剂、免疫调节剂、抗氧化剂等中应用，对虾的存活率可提高20%～30%。ι-卡拉胶酶基因cgiA2_Ce，可通过基因工程技术获得其重组蛋白。