本发明公开了一种表面改性自修复型微胶囊的制备方法，首先合成聚脲甲醛包覆环氧树脂的自修复型微胶囊，然后采用氟烷偶联剂对微胶囊进行表面改性处理。本发明制备的表面改性自修复型微胶囊，显著改善了自修复型微胶囊对复合材料力学性能的影响，因此本发明提供了更好的用于自修复型微胶囊表面改性的方法；由于表面含有氟基团的存在，同时还可降低涂膜表面能，提高疏水和防污性能。