一种发光二极管晶粒，包括发光结构、形成于发光结构上的透明导电层、以及第一电极和第二电极，所述透明导电层上形成有透明保护层，该透明保护层上形成有若干穿孔，所述透明导电层经由穿孔裸露于透明保护层之外，裸露于穿孔的透明导电层的表面形成有微结构，改善出光效率。本发明还涉及一种发光二极管晶粒的制造方法。