本发明涉及蛋白酸水解生产小肽氨基酸微量元素螯合物的方法，以动物蛋白或植物蛋白为原料，用盐酸水解。水解液经粗滤、微滤，滤液经纳滤膜分离系统脱酸，脱酸后的料液经超滤分离提纯。得到分子量小于1000Dalton的小肽和氨基酸，与微量元素螯合生成小肽氨基酸微量元素螯合物。本发明适合工业化生产，生产周期短，产品收率高，生产过程无三废，产品具有良好的化学稳定性，营养丰富，容易消化吸收，抗干扰，无刺激，具有改善机体免疫功能作用，是理想的食品营养强化剂和饲料添加剂。对于促进饲料工业及养殖业的发展，增进禽畜水产品的安全性，维护人类健康，具有积极而深远的意义。