本发明提供了一种MEMS封帽硅片的多硅槽形成方法及其刻蚀掩膜结构，该方法包括：步骤S11，提供MEMS封帽硅衬底；步骤S12，在MEMS封帽硅衬底上形成相叠的n层掩膜层，在形成每一层掩膜层之后对该掩膜层及其下方的其他全部掩膜层进行光刻和刻蚀以形成多个不同的刻蚀窗口；步骤S13，以当前最上层的掩膜层及其下层掩膜材料为掩膜，对MEMS封帽硅衬底进行刻蚀；步骤S14，去除当前最上层的掩膜层；步骤S15，重复步骤S13和S14，直至掩膜层被全部去除。本发明能够用半导体常规工艺，在MEMS封帽硅片上形成多个具有高深宽比的深槽，避免无法用光刻胶在有深槽的封帽硅片上常规匀胶的问题，且具有良好的工业实用性。