本发明公开了TEM样品的制备方法，通过在制备TEM样品的过程中，在预备截面上沉积填充层，从而避免了当制作具有高深宽比结构或者孔洞结构的半导体结构的TEM样品时，由于金属保护层未能完全填充高深宽比结构或者孔洞结构，而导致未填满的孔洞边缘区域离子束切割过快造成TEM样品局部损伤的问题，克服了由于TEM样品的均匀性差，而影响TEM分析质量的问题，从而保证了TEM样品的均匀性，提高了TEM样品的分析质量，进而提高TEM观测的精确度。