本发明属于水产养殖学领域DNA标记领域，具体涉及应用微卫星标记对泰国笋壳鱼(云斑尖塘鳢Oxyeleotrismarmoratus）和本地笋壳鱼(河川沙塘鳢Odontobutispotamophila)鱼苗进行鉴别。本发明的一对引物序列如SEQIDNo.8和SEQIDNo.9所示。鉴定时用上述引物对待鉴别样本进行PCR扩增，再用1%琼脂糖凝胶电泳对PCR产物进行检测，EB染色，250bp大小条带的为泰国笋壳鱼，300bp大小条带的为本地笋壳鱼；本发明所获得的微卫星引物，在云斑尖塘鳢群里和河川沙塘鳢群体中均能稳定扩增，结果稳定，条带清晰，且操作简单方便，成本低，实用性强。