本发明涉及鹌鹑蛋鱼腥味敏感基因及其作为分子标记的应用。鹌鹑蛋鱼腥味敏感基因FMO3核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。其Q319X突变位点为用于检测鹌鹑蛋鱼腥味的SNP分子标记。本发明为鹌鹑蛋鱼腥味性状辅助分子标记，加快鹌鹑蛋风味改良提供了一种高效的分子遗传标记选择方法。该方法大大降低分子育种支出，并有效剔除生产中的鹌鹑蛋鱼腥味问题，扩大鹌鹑可选饲料原料范围，降低饲养成本，提高鹌鹑养殖经济效益。该方法操作简单，费用低廉，检测时间短，准确度高，可实现自动化检测，可在鹌鹑育种中发挥巨大作用。