本发明提供了一种微型热电器件、制作方法及包括其的温差发电机。该微型热电器件包括：第一基板，设置有图案化的第一电极层；第一阻挡层，设置在第一电极层上；二氧化硅层，设置在第一基板和第一阻挡层上；热电元件，设置在二氧化硅层中；图案化的第二阻挡层，设置在二氧化硅层和热电元件上；第二电极层，设置在图案化的第二阻挡层上；以及第二基板，设置在第二电极层上。本发明提供的微型热电器件的结构适于半导体集成工艺技术，解决了目前微米级热电器件产业化过程中存在的难以实现大规模精密加工的问题。