本公开内容提供了集成电路结构，集成电路结构包括：半导体衬底，具有第一区域和第二区域，第二区域的面积小于大约10微米×10微米；第一材料层，位于半导体衬底的上方，并被图案化以在第一区域中具有第一电路部件以及在第二区域中具有第一标记；以及第二材料层，位于第一材料层的上方，并被图案化以在第一区域中具有第二电路部件以及在第二区域中具有第二标记。第一标记包括在第一方向上定向的第一标记部件和在垂直于第一方向的第二方向上定向的第二标记部件。第二标记包括在第一方向上定向的第三标记部件和在第二方向上定向的第四标记部件。本发明还提供了用于电子束芯片中重叠标记的结构和方法。