本发明公开了一种基于自对准技术的石墨烯晶体管制造方法，涉及半导体器件的制造方法技术领域。在衬底上形成石墨烯材料，在石墨烯材料上形成一层金属薄膜，利用平版印刷术形成所需要的光刻胶图形，去除未被光刻胶覆盖的地方的金属，去除未被光刻胶覆盖的地方的石墨烯，形成设计的石墨烯晶体管有源区。形成设计的源、栅和漏的金属电极，源和漏的金属电极与有源区的金属相连，并在源漏之间利用平版印刷术形成所需要的栅光刻胶图形，腐蚀掉暴漏出来的金属，在暴漏出来的石墨烯表面形成种子层，在种子层上形成栅介质，然后在栅介质上形成栅金属，最终形成石墨烯晶体管。所述方法减小栅源和栅漏之间的间距，从而提高石墨烯晶体管的性能。