本发明涉及一种低分子肝素完全降解产物结合柱前衍生的反相色谱与高分辨质谱联用检测方法。它利用反相色谱与高分辨质谱进行联用检测低分子肝素完全降解产物的各个组分，通过反相色谱分离样品中各组分，并通过高分辨质谱获得精确的分子量，检测除8种常见肝素二糖以外的末端修饰结构和特殊结构例如与抗凝血相关的3-O-硫酸四糖和由剥离反应得到的三糖，从而对各低分子肝素完全降解产物的结构进行比较精细的表征。本发明解决了现有技术中仅能检测8种常见肝素二糖的问题，对于低分子肝素仿制药的研发、生产控制和保障药品安全具有极大的实用价值。