本发明属于微电子及平板显示技术领域，具体为一种金属氧化物薄膜晶体管及其制备方法。该金属氧化物薄膜晶体管包括基底、栅极、栅极绝缘层、源/漏电极、半导体沟道层以及钝化层，在半导体沟道层与钝化层之间有自组装的单分子层；该自组装单分子层可以将底栅金属氧化物薄膜晶体管的沟道背表面改性为疏水，有效防止外界水汽入侵，亦可保护沟道在后期的钝化层沉积过程中不受化学及物理损伤，以增强底栅氧化物薄膜晶体管的可靠性。