本发明公开了一种复方消毒剂，其含有酚类化合物、有机酸、表面活性剂及稳定剂，所述的酚类化合物为2-叔丁基-4-甲基苯酚、6-叔丁基-3-甲基苯酚、3-异丙基-4-甲基苯酚中的一种或几种。本发明的复方消毒剂，具有多种消毒杀菌成分，可以起到协同杀菌效果，对畜禽养殖期间常见病原菌、病毒、真菌、芽孢及部分寄生原虫均有很好的杀灭效果。本发明的复方消毒剂安全性好，使用浓度下无刺激性气味、不具有腐蚀性，对人畜安全，解决了当前消毒剂成分单一、消毒效率低下、消毒效果不稳定及安全性差等问题。