本发明公开了一种防治土壤环境病原菌的芽胞杆菌制剂及制备方法和应用，该芽胞杆菌制剂由三种菌株即解淀粉芽胞杆菌D66、解淀粉芽胞杆菌J3-1和短小芽胞杆菌D31组成，都从土壤环境分离获得。本发明通过将上述3株菌的发酵液以体积比1:1:1混合，通过草炭吸附菌体，制成微生物制剂。目前发现在畜禽养殖土壤环境中存在大量的动物病原菌，以大肠杆菌为代表的动物病原菌在土壤中可以长期存在并导致畜禽出现腹泻等症状，本发明的微生物制剂主要应用于防治畜禽养殖环境中动物病原菌大肠杆菌，具有效果明显、见效快的优势，既可以提高畜禽类的免疫能力，又可以抑制和拮抗环境中病原菌的生长繁殖，因此有着广阔的应用前景。