本发明公开了一种高床发酵型养兽系统，包括上层为饲养区、下层为发酵区的双层高床兽舍，饲养区设有若干个由兽栏围成的兽舍单元、自动喂料系统、温控通风系统和饮排水装置，发酵区设有垫料、导粪装置、垫料自动翻堆系统和排气系统，垫料自动翻堆系统包括至少两条翻堆车道、自动翻堆车、换轨车道和换轨车，排气系统包括第一卷帘和第一风机，排气系统与温控通风系统配合工作。本发明设计合理，提高了生兽养殖的效益，养兽过程中不冲水，减少了用水，生产过程中产生的兽粪尿与垫料在垫料自动翻堆系统的翻动作用下进行高温好氧堆肥转变成固体培养土，无废水排放，基本可解决养兽排泄物的污染问题，保障养兽的正常化生产，实现了高效的生态环保型养殖。