本发明提供一种用于防治水体青苔的生物制剂及其制备方法，制备该生物制剂的原料为：食品级亮蓝，芽孢杆菌，酵母菌，硅酸钠。本发明的生物制剂中的亮蓝溶入水中使水变成浅蓝色，起到了遮挡阳光，使池底的青苔或泥皮因为失去光照而死亡，而生物制剂中的芽孢杆菌，酵母菌则产生多种酶系将养殖水体中的青苔、泥皮、残饵、粪便中的有机质分解利用，并为藻类生长提供营养，硅酸钠则诱导有益藻硅藻生长迅速，形成优势藻种。该生物制剂起到了杀灭青苔，分解有机质，促进有益藻生长的多种生物调水功能。不仅可用于养殖池塘，还可用于景观水体，外滩海水中的青苔的防治。对环境无污染，无公害，可生物降解，低用量，操作简单，用途广，持续时间长等优点。