本发明提供了一种GaN基半导体发光二极管的制造方法，包括形成GaN衬底，以及在GaN衬底上沉积p型接触层、有源层、n型电子阻挡层、n型过渡层和n型接触层；其中形成GaN衬底的方法包括如下步骤：在常温常压下，将GaN晶片放入高温高压装置中；对GaN晶片加热的同时加压，加热温度为820～880℃，加压压力为4.1~4.6GPa，保持10～15分钟；停止加热，使GaN晶片冷却至常温；同时缓慢卸压，使GaN晶片恢复至常压；在高温高压装置中退火20～30分钟后，取出GaN晶片。该方法可以明显的减小发光二极管衬底中的晶体缺陷密度，提高发光二极管的性能和寿命。