提供了半导体器件及其形成方法，具体公开了用于形成和使用衬垫的系统和方法。一个实施例包括：在衬底之上的层间电介质中形成开口；以及沿着开口的侧壁形成衬垫。从开口的底部去除衬垫的一部分，并且可以穿过衬垫执行清洁工艺。通过使用衬垫，可以减小或消除由清洁工艺引起的对开口侧壁的损伤。此外，衬垫可用于帮助将离子注入衬底。