本发明公开了一种生物有机肥发酵复合菌剂，其含有淀粉霉（Amylomyces rouxii）、青霉属菌（Penicillium cordubense）、嗜冷枯草芽孢杆菌（Bacillus phychrophilus）。在种养殖废弃物堆体中接种本发明的生物有机肥发酵复合菌剂，在北方低温季节能迅速提高堆体温度，且能使堆体保持50℃以上的高温15天左右，缩短了发酵周期，能有效杀灭动物粪便中的病原物和寄生虫。由此生产的有机肥发酵彻底，养分含量高，可作为优良的植物有机肥使用。