本发明公开了一种畜禽废水处理系统及其处理方法，属于畜禽养殖废水的处理领域。它包括依次串联的水量调节池、EGSB厌氧反应器和塔式生物滤池，所述的EGSB厌氧反应器内中设置有机械搅拌器，所述的EGSB厌氧反应器的部分出水通过泵抽送至该EGSB厌氧反应器底部进行内回流，通过控制阀门的启闭及开启度控制回流水，回流水经过机械搅拌器推动叶轮转动后接入EGSB厌氧反应器底部与布水器连接的布水管。采用本发明的系统和方法，处理后的废水不仅能达到《畜禽养殖业污染物排放标准》（GB18596-2001）的标准，而且废水处理的基建和运行成本更低。