本发明公开一种可分析皱纹盘鲍野生群体的遗传多样性，鉴定养殖群体之间的亲缘关系的皱纹盘鲍微卫星分子标记及制备方法，通过皱纹盘鲍微卫星(AC)_n文库的构建，微卫星序列阳性克隆的筛选、微卫星引物的设计、PCR扩增及筛选等步骤，得到了10个高度多态的微卫星分子标记Hd1、Hd2、Hd3、Hd4、Hd5、Hd6、Hd7、Hd8、Hd9、Hd10，通过多态性检测证实，本发明的微卫星分子标记有重复性好的特点，是一种有效可靠的分子标记，可以建立皱纹盘鲍微卫星DNA标记技术体系，用于皱纹盘鲍的遗传多样性评估、遗传结构分析以及鉴定养殖群体之间的亲缘关系等。