本发明揭示了一种小粒径磁性琼脂糖微球的制备方法，本方法以乳化剂和疏水性有机溶剂作为油相，以琼脂糖和超顺磁性Fe₃O₄水溶液的混合液作为水相，在机械搅拌下将水相加入油相中进行预分散后，再将预分散的乳液进行超声破碎，破碎后的乳液经冷却、磁性分离和净化得到小粒径磁性琼脂糖微球。本发明制备的磁性琼脂糖微球具有高磁响应和超顺磁性，与市售产品相比其粒径更小，比表面积更大，活性位点更多，具有广泛的应用前景。由于采用亲水性磁核，通过漩涡振荡、超声分散、微波加热、机械搅拌预分散、细胞破碎仪进行超声破碎等方式，既保证了磁核能均匀分散在琼脂糖溶液中，又保证了所得的磁性琼脂糖粒径小，且分布较窄。