本发明公开了一种制备碳酸钙/磷酸钙复合纳米球的方法，所述方法包括如下步骤：将水溶性钙盐溶于去离子水中，然后加入稳定剂，并调节溶液的pH值为7～11，形成A溶液；将水溶性碳酸盐溶于去离子水中，形成B溶液；将B溶液逐滴加入A溶液中，并控制溶液体系的pH为7～11；滴毕，在室温下搅拌一定时间，然后转入微波反应器中，在100～200℃下保温反应1～60分钟；自然冷却至室温，进行离心分离、洗涤和干燥，即得碳酸钙/磷酸钙复合纳米球。本发明方法具有工艺简单、操作方便、不需要复杂昂贵设备、易于实现工业化生产等优点。通过本发明方法制备的碳酸钙/磷酸钙复合纳米球可作为生物医用材料，具有良好的应用前景。