本发明公开了一种从香蕉皮中提取原花色素的方法，其步骤是取香蕉皮；护色；速冻；粉碎；微波干燥；离子液体提取；超速离心；喷雾干燥，获得原花色素成品。本发明利用速冻和低温粉碎不仅可以使香蕉皮粉碎均匀，粒度小，原花色素损失少，干燥速度快，而且在对香蕉皮干燥脱水的同时还可以起到杀菌作用，微波辅助离子液体提取的方法避免了对原花色素的破坏；且离子液体易于回收利用。本发明操作简单，条件温和，高产高效，生成过程清洁无害，且能耗小，效益高，原花色素的得率大、纯度高，适合规模化的生产应用，对香蕉皮的综合利用以及天然原花色素的商业化市场开发具有广阔的前景。