本发明提供了一种利用微波辐射制备海藻酸寡糖单体的方法，将褐藻胶中分级纯化的聚甘露糖醛酸或聚古罗糖醛酸配置成不同浓度的溶液或悬浊液，在微波反应系统中进行微波辐射，降解5-30min。然后将降解产物冷却，过滤，冻干后得寡糖混合物。寡糖混合物用凝胶柱层析法分离纯化可获得不同聚合度的寡糖单体。本发明的优点是降解效率高，寡糖产率高，降解过程中未加入酸或缓冲盐，副产物少，后处理简便，产品易于分离纯化，清洁环保，成本低廉，能根据不同目的和用途制备不同分子量分布的寡糖混合物和不同聚合度的寡糖单体，将其应用于食品、医药、化工等各个领域。