本发明公开了一种N-(取代苯基)六亚甲基双胍盐酸盐及其合成方法。该化合物盐酸盐结构如式(I)所示，其合成方法为：以低毒的硫甲基氰基异脲与己二胺在水中缩合反应得到中间体六亚甲基双氰胍；然后中间体六亚甲基双氰胍与2，6-二氯-4-氨基苯酚盐酸盐在常压下反应得到产品。该合成方法反应条件温和，目标化合物易提纯。该双胍类化合物盐酸盐通过抗菌活性实验和毒性实验表明，抗菌活性好，毒性低，可用于皮肤组织或者医疗器械的消毒、杀菌。