本发明涉及一种抗生素填充装置中粉仓密封装置，属于医疗器械领域。所述的抗生素填充装置中粉仓密封装置，包括粉仓，粉仓的一侧插入装料管，粉仓中部插有中间轴，其特征在于，粉仓的开口处设置有密封装置，密封装置包括粉仓盖、密封套和密封圈，密封套套在中间轴上，粉仓盖套过中间轴和密封套放置在粉仓的端口处，密封套与中间轴、密封套与粉仓盖、粉仓盖与粉仓之间均设置有密封圈。本发明结构设计巧妙，结构简单，安装简洁，真正实现了抗生素分装过程中CIP、SIP的功能。