本发明公开了一种适用于内镜灭菌的过氧化氢低温灭菌设备及其使用方法，该灭菌设备包括腔体、控制系统、蒸发器、加液器、真空泵、加热器，加热器设置在腔体的外壁周围，并与控制系统电连接；腔体和外界通过进气阀连接；腔体通过灭菌阀连接蒸发器的出口端，蒸发器的入口端通过加液阀与加液器连接，在真空泵和腔体之间设置有预真空腔，真空泵通过排气阀与预真空腔相连，腔体通过连接阀与预真空腔连接，该发明能在低温低压状态下对医疗器械进行灭菌，尤其能对内镜的通孔内壁进行充分灭菌。