本发明公开了一种圆红冬孢酵母菌Y0及其应用。圆红冬孢酵母菌(Rhodosporidium？toruloides)Y0于2013年12月29日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC)，地址：中国武汉市武汉大学，保藏编号：CCTCC？No：M2013725。本发明的圆红冬孢酵母菌(Rhodosporidium？toruloides)Y0具有丰富的营养，可应用于生产动物功能性饵料添加剂，同时可以海水养殖废水作为主要营养物来源，在按照质量体积比添加10～14‰蔗糖作为补充碳源的情况下，快速在海水养殖废水中生长，从而达到即利用海水养殖废水、减少废水排放污染又获得高值水产动物饵料添加剂的目的。