本发明涉及保健品领域，尤其涉及一种改善胃肠道功能的组合物及其制备方法。该组合物包括苹果干细胞冻干粉、低聚果糖和聚葡萄糖，实验表明，给予本发明提供的组合物能够保护小鼠的胃黏膜、抑制小鼠胃黏膜损伤，使溃疡指数从62.74下降至23.94～25.69，明显高于各组分单独使用的效果。另外，实验表明，给予本发明提供的组合物能够促进小鼠胃肠的蠕动，促进排便，小肠推进率从54.86上升至67.48～69.03，促进胃肠的蠕动的作用明显。并且，从306例胃肠道功能不良的患者中，患者中显著有效率为91.2％，显著优于各组分单独使用的有效率。