一种颗粒操纵系统使用基于MEMS的微制造式颗粒操纵装置，所述装置具有入口通道、输出通道和形成于基底上的可移动构件。可移动构件平行于制造平面移动，就像在入口通道中流动的流体那样。可移动构件将目标颗粒与颗粒的其余部分分离，将其转移到输出通道中。然而，至少一个输出通道不平行于制造平面。所述装置可用来将样本料流中的目标颗粒与非目标材料分离。目标颗粒可以是例如干细胞、受精卵、癌细胞、T细胞、血液的组分、细菌或DNA样本。所述颗粒操纵系统也可包括使目标颗粒会聚于入口通道的特定部分中的微流体结构。