本发明涉及一种生物相容性量子点的制备方法及其应用，属于细胞标记技术领域，本发明的技术方案是：本发明首先采用水相法合成硒化镉(CdSe)，通过在CdSe表面生长硫化锌(ZnS)，制备出细胞毒性小的CdSe/ZnS核壳型QDs。合成两性聚合物，然后将两性聚合物与CdSe/ZnS偶联，得到水溶性强、生物相容性好的CdSe/ZnS-Polymer。由于偶联两性聚合物后的QDs具有水溶性强、生物相容性好，使用其对活细胞进行荧光标记并进行体内示踪成为可能。使用该生物相容性QDs进行干细胞标记，对QDs在体内的分布进行荧光成像，增强了荧光信号，提高了观察灵敏度。