本发明提供了一种人成纤维细胞生长因子受体（FGFR）单链抗体融合蛋白，其为FGFR单链抗体-碱性多肽融合蛋白。其中，FGFR单链抗体为FGFR1、2、3或4的单链抗体，碱性多肽为由9-30个碱性氨基酸组成的多肽。本发明还提供所述FGFR单链抗体-碱性多肽融合蛋白在制备靶向肿瘤细胞药物中的应用。利用该融合蛋白作为核酸运载工具，携带小分子干扰RNA（如siRNA）去攻击相应的FGFR高表达的各类肿瘤细胞和组织（如白血病干细胞、膀胱癌细胞、乳腺癌细胞等），通过诱导肿瘤细胞凋亡、生长抑制和分化等，最终起到抑制肿瘤生长、侵袭和转移的作用。