本发明公开了一种生物活性物质组合物及其制备方法。首先提取健康人源干细胞，经体外培养，扩增，收集特定阶段干细胞，低温萃取其生物活性物质；其次，再分别按照相应的方法提取绞股蓝与萌动激活的灵芝孢子生物活性物质；按照一定比例配伍这三类生物活性物质形成组合物，该组合物富含干细胞因子群、多肽、天然免疫蛋白、核酸、皂苷、黄酮类、多糖、氨基酸、三萜类化合物、生物碱、灵芝甾醇和活性酶等多种活性物质。该组合物可开发成具有细胞生物学活性功能的产品，作用于人体后可活化机体干细胞，修复或替代受损、病变和衰老的细胞，调节血脂、血糖与血压，增强机体免疫力，抗肿瘤，抗衰老等功效。该组合物在医学、保健和美容领域极具应用前景。