本发明提供用于治疗患病或损伤的组织如炎性肠病，例如，溃疡性结肠炎的方法和组合物，包括使用刺激干细胞迁移至损伤的组织的干细胞或组织移植物使组织再生。所述组织移植物可以是细胞外基质(ECM)材料，例如，组织特异性细胞外基质(TS-ECM)。该方法还可以包括在放置移植物之前，切除损伤或患病的组织的粘膜。