本发明涉及一种用于种质资源保护的自净式小型循环池系统，其特征在于：包括养殖水池，养殖水池左后部设有导水管，导水管将养殖水池与隔水池导通，隔水池内种植漂浮植物，导水管内设有滤网；隔水池前方设有隔水墙，隔水墙上端面开设一组沟槽，沟槽连通隔水池与前方的人工潜流湿地池；人工潜流湿地池的前部设有气提式管道，气提式管道由打孔管、进水管、气石组成，打孔管的侧周壁开设小孔，小孔的孔径小于所述人工潜流湿地内颗粒的直径，打孔管的侧壁与进水管的一端连接，进水管的另一端将所述人工潜流湿地池与所述养殖水池导通，进水管内设有气石，气石与外部的气泵连接。隔水池、人工潜流湿地池、养殖水池形成逆时针的水流循环系统。