本发明提供一种降低海参生长水域中富营养化的方法，包括混合菌种的配比、耐盐混合菌种的培养、耐盐混合菌种的扩大培养、离心得到混合菌液以及将混合菌液与氨基酸和乳酸杆菌进行配比后稀释应用于养殖海参的水域。在海参生长水域中加入本发明方法得到的耐盐混合菌液，通过分析每升海参养殖海水中排泄物，动物残体等有机固形物含量在耐盐混合菌液投入之前和投入之后的变化，分析后得出在投入耐盐混合菌液后每升海参养殖海水中排泄物，动物残体等含量明显降低，水质环境明显得到改善；分析海参养殖海水中氨基酸，葡萄糖，脂肪酸等含量在耐盐混合菌液投入之前和投入之后的变化，发现海参养殖海水中氨基酸，葡萄糖，脂肪酸等的含量明显上升。