本发明提出了对滨海盐碱地的土壤进行脱盐的方法和系统。其中，对滨海盐碱地的土壤进行脱盐的方法，包括以下步骤：在待脱盐的滨海盐碱地进行挖土垫高形成台田和低洼地；在该低洼地中建造微藻养殖设备，在该台田上种植耐盐植物；利用地下咸水或自然降雨对该台田进行洗盐，并得到洗盐后排水，其中该洗盐后排水的含盐量为0.3~10重量%；以及将该洗盐后排水引入到该微藻养殖设备中进行微藻养殖。利用该方法和系统能够有效地对滨海盐碱地的土壤进行脱盐，同时，还可以有效地利用洗盐后排水进行养殖微藻。