本发明提供一种高效结合DNA的二氧化硅纳米颗粒的制备方法以及应用于神经干细胞转染方法，利用正硅酸乙酯在由环己烷、正丁醇、Triton X-100、水组成的微乳体系中水解，并加入适量氨水调节反应速率，利用N-(β-氨乙基)-γ-氨丙基三乙氧基硅烷的偶联作用，一次性制备表面偶联氨基基团的二氧化硅纳米颗粒。本发明所述方法制备出的颗粒粒径约65nm、大小均匀、稳定，表面带正电荷、能高效结合DNA。纳米颗粒与DNA高效结合后，可以直接加入到神经干细胞培养体系中，介导外源基因的转染，或联合电穿孔法转染神经干细胞。