本发明具体公开了一种高效制备CD44基因缺陷小鼠诱导多能干细胞（IPSC）的方法。本发明首先利用TSA对小鼠成纤维细胞（MEF）进行预处理，然后再对MEF进行诱导重编程，IPSC的效率可以随着TSA的浓度升高而被提高。在挑取克隆前，将诱导后的MEF、未完全重编程、IPSC等细胞混合物，传代接种到包被有基质胶或基质膜的培养板上，IPSC的细胞比例可以提高100倍，克隆挑取的成功率提高了13.84%，增加了277.8倍。为提高IPSC的效率提供了新思路和新方法。