本发明公开了一种复合骨髓间充质干细胞的凝胶支架移植系统及其应用，移植系统包括凝胶支架以及黏附在凝胶支架上的骨髓间充质干细胞，凝胶支架的制备方法为：在交联剂存在下，HA与ADH发生交联反应，经冷冻干燥获得支架骨架；按反应官能团计，HA、ADH、交联剂的摩尔比为1:(2～4):(7～15)；对支架骨架进行脱水、活化、溶胀，利用RGD多肽对溶胀的支架骨架进行修饰，经冷冻干燥获得凝胶支架。本发明在一定的原料配比下制备获得支架骨架，使支架骨架具备较高的孔隙率，呈现较规则的三维网状结构；采用RGD多肽对支架骨架进行修饰，大大改善了干细胞在凝胶支架上的粘附性，使得该移植系统与中枢神经组织具有更好的相容性。