本发明提供了一种基于磁珠和微流控芯片的循环肿瘤干细胞检测试剂盒，其特征在于，包含微流控芯片、至少一种能够与循环肿瘤干细胞特异性结合的标记有肿瘤干细胞生物标志物的免疫磁珠以及至少一种针对肿瘤干细胞生物标志物的荧光抗体，其中，所述的微流控芯片包括玻璃芯片基底，所述的玻璃芯片基底上设有微流控通道，微流控通道内设有软磁性微阵列。本发明可实现一次样品进样即可捕获检测多种不同类别的稀有循环肿瘤干细胞，具有较高的灵敏度和特异性，操作方便快速，捕获细胞易于收集，无需芯片内部微流通道复杂的一抗二抗表面修饰过程等特点。